Todos los ministerios dentro del proyecto El Alfarero estan dirigidos a hacer discipulos de Cristo. Por lo tanto, se ofrece varios cursos de discipulado en diferentes niveles para personas quienes quieren crecer espiritualmente.

El nivel básico es para nuevos creyentes, o personas interesadas en saber más. El segundo nivel es más profundo y ayuda al cristiano establecer buenos hábitos y disciplinas en su vida cristiana, como por ejemplo, tener un tiempo devocional profundo cada día. El tercer nivel es para cristianos maduros, para que sean líderes.